Саяси қуғын-сүргін құрбандары музейі 2001 жылы ОҚО Тарихи-өлкетану музейінің филиалы болып ашылды. Музей Тәуелсіздігіміздің 10 жылдығына орай, қоғамда әділеттікті қалпына келтіру жолында, өткен ғасырда саяси қуғын-сүргінге ұшырап, жазықсыз құрбан болғандарды мәңгі есте сақтау, өскелең ұрпақ санасына тарихымыздағы «ақтаңдақтардың» себептерін жеткізу мақсатында ашылған болатын. 2002 жылы 13 тамызда «Оңтүстік Қазақстан облыстық саяси қуғын-сүргін құрбандарының музейі» болып қайта құрылды.

Түркістан облысы әкімдігінің 2018 жылы 13 тамыздағы №234 Қаулысы бойынша музей Шымкент қаласының коммуналдық меншігіне берілді.

Шымкенттегі музей Қазақстан Республикасында саяси бағыттағы алғаш ашылған мәдени нысандардың бірі. Музейдің сыртқы сәулеті мен ішкі дизайнының құрылысы және тақырыптық жоспары ерекше жасалған. Жалпы музейдің тақырыпқа сай жасалуына, негізгі идеясының жүзеге асуына ҚР еңбегі сіңген өнер қайраткері, дизайнер Аманжол Найманбай көп еңбек сіңірді. Музей қазіргі таңда үш залдан тұрады: Экспозициялық, «Тағзым» және Кино залы.

Музейдің қақ ортасында экспозиция түпқазығы болып табылатын «Репрессия» атты мүсінді композиция орналастырылған. Бастапқыда музей қоры 2500-ге жуық экспонатпен ашылған болса, қазіргі таңда музей қорында 16257 экспонат жинақталды. Оның 13396-ы негізгі қор, 2861 көмекші қор, электронды тізімге енген экспонат саны – 1163. Музей қорын толықтыру мақсатында аудандық, қалалық, облыстық және шетелдік архив, музейлермен байланысып, жұмыстар жүргізіледі. Сонымен қатар, музей саяси қуғын-сүргін құрбандарының ұрпақтарымен тығыз байланыста.

Музей жоғары оқу орындарының (ЕҰУ, ОҚМУ, ОҚМПУ, ХҚТУ және т.б) ғалымдарымен, тарихшыларымен, Алаштанушыларымен бірлесіп ғылыми жұмыстар жүргізеді және аталған ЖОО студенттерінің қатысуымен көптеген іс-шарлар өткізеді. Алаш қайраткерлері мен саяси қуғын-сүргін құрбандарының мерейтойларын атап өту мақсатында іс-шаралар, лекциялар, көрмелер, дөңгелек үстелдер тұрақты ұйымдастырылады.

Музей қызметкерлерінің біліктілігін арттыру және тәжірибе алмасу мақсатында Ресей, Өзбекстан, Белоруссия музейлерімен, сондай-ақ, еліміздегі «АЛЖИР», «КАРЛАГ», «Алаш арыстары» музейлерімен байланыс жұмыстар атқарады.

Бүгінде мұражайдағы экспонаттарды тамашалауға әлемнің түкпір-түкпірінен туристер жиі келеді.